第5舰队组建于二战期间的1943年，当时是太平洋舰队的主力作战舰队之一，负责中太平洋地区的对日作战，曾组织实施了中途岛海战、基尔伯特战役、马绍尔战役、里亚纳海战、硫磺岛登陆、冲绳登陆等著名战役，二战结束后于1947年撤编，并于1995年被重编。1995年7月l 日，美海军为了加强在海湾地区的前沿军事存在，在中东海军部队的基础上，更新组建第5舰队。该舰队部署在海湾地区，统辖位于波斯湾、红海、阿曼湾、亚丁湾和阿拉伯海活动的海军部队。舰队司令部设在巴林，司令由中央总部海军部队司令兼任。中东海军部队在海湾驻扎的几十年，参与了许多重大活动。1979年～1 981年伊朗人质危机期间，美海军派遣30余艘舰艇在北阿拉伯海游弋。1 980年4月，营救52名美国人质的美军特种部队就是从"尼米兹"号航空母舰上出发的。在l 991年的海湾战争期间，美海军中东部队在中央总部海军部队司令的指挥下，参加了对伊拉克的一系列海上作战行动。其中由第5舰队实施的"海上拦截"行动是一项长期任务。