发生在1807年年初的美国第三任副总统伯尔叛国案是杰斐逊执政期间最引人注目的全国大案之一，案件审理过程中充斥着各种阴谋论。最终，时任最高法法院首席大法官约翰·马歇尔引导陪审团做出了无罪判决，为宪法中规定的叛国罪确立了严格的证据要求，有效避免了这一罪名成为政治迫害的工具。这一判决受到后人极高评价，被认为是司法的一大胜利。伯尔是杰斐逊担任美国第三任总统时的副总统，在杰斐逊于1805年连任后，伯尔已然失宠，不再在杰斐逊政府中担任职务。卸任副总统职位后，伯尔和美国陆军准将詹姆斯·威尔金森策划对西班牙开战，夺取西班牙在北美的殖民地，包括新墨西哥、得克萨斯等地区。与此同时，为了重建政治势力，伯尔和英国驻美公使安东尼·梅里会晤，称自己准备领导西部各州发起一场脱离联邦的运动，希望英国提供资金和军事上的支持。不过，伯尔究竟是真的叛国，还是妄图借叛国之名从英国骗钱，直到今天，英美两国的学者对此仍没有确切答案。