毛细管梯度凝胶电泳（capillary gradient gel electrophoresis），理学-化学-分析化学-色谱法-毛细管电泳，使用填充了凝胶梯度的毛细管进行电泳，以进一步提高分离度、分离速度和紫外吸收检测灵敏度的分离分析方法。毛细管凝胶电泳的一种高效模式。1983年S.耶滕[注]提出毛细管凝胶电泳后，发展了其他类型的毛细管电泳，如非胶毛细管电泳等。采用部分凝胶毛细管代替整管凝胶进行毛细管凝胶电泳，可以提高紫外检测灵敏度，同时发展了从进样口沿分离方向提高凝胶浓度的梯度凝胶毛细管电泳方法，有效提高了分离度，并缩短了分离时间。毛细管梯度凝胶电泳利用聚丙烯酰胺单体原位聚合技术，通过在毛细管中分段填充不同浓度聚丙烯酰胺单体，可以装制台阶型梯度凝胶毛细管；当台阶长度缩短到一定程度后，便可制备连续梯度凝胶毛细管。在梯度凝胶中筛分样品，沿着样品迁移的方向，若梯度升高，可产生聚焦效果，能有效提高分离效率，实现在更低凝胶浓度或更短凝胶长度下进行高效、快速的分离，并缩短分离时间。毛细管梯度凝胶电泳应用于难分离物质的尺寸分离，包括蛋白和糖等生化物质。