核转录终止分析法是用分离的细胞核研究其对特定基因转录作用的一种类似核连缀分析的方法，但更侧重于测定转录的终止位置，体外转录可进行到模板最末端，以分析转录本的长度。细胞核是真核细胞内最大、最重要的细胞器，是细胞遗传与代谢的调控中心，是真核细胞区别于原核细胞最显著的标志之一。细胞核的主要构造为核膜，是一种将细胞核完全包覆的双层膜，可使膜内物质与细胞质、以及具有细胞骨架功能的网状结构核纤层分隔开来。由于多数分子无法直接穿透核膜，因此需要核孔作为物质的进出通道。这些孔洞可让小分子与离子自由通透;而如蛋白质般较大的分子，则需要载体蛋白的帮助才能通过。