《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日-12月18日在日本播出。?《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日-12月18日在日本播出。日本的上班族冈岛绿郎在一次去东南亚的出差中，被和海盗差不多的运输商"BLACKLAGOON"的成员绑架。公司为了保守机密派遣雇佣兵要抹煞掉成为了人质的冈岛，但是冈岛凭借其智慧从这绝境中脱险了。被公司抛弃的冈岛舍弃了了姓名和立场，改名Rock成为了"BLACKLAGOON"的成员。原军人的老板Dutch，机械工Benny，有"双枪"别名的枪手Revy，和Rock一起，乘坐改造鱼雷艇"BLACKLAGOON号"