基因调控网络建模（gene regulatory network modeling），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-生物信息学，以生物信息数据为基础，利用计算机、数学、物理学等交叉领域知识描述基因之间调控关系的建模方法。细胞的表现和生物形态通常是受到由DNA序列中的遗传信息经过基因表达转换成蛋白质分子的过程影响。一个基因的表达一般会受其他基因的调控，而调控基因又受另外其他基因的调控，基因之间的这种相互调控和影响的关系通常称为基因调控网络。在基因调控网络模型中，结点一般表示的是基因，边通常表示两个基因之间的相互调控关系。如果两个基因之间有调控关系，则这两个基因之间连接有一条有向或无向的边。因此，基因调控网络模型中的边可以是无向或是有向。几乎所有的细胞活动都受基因网络影响。基因调控网络具有复杂网络的一些特性，如基因调控网络往往是存在无标度网络性质，具有明显的局部特性和层次模块特性。构建基因调控网络常用的模型和方法有：线性回归、互信息、皮尔逊相关系数、斯皮尔曼相关系数、布尔网络模型、微分方程模型、贝叶斯网络模型、聚类分析模型等。