蛋白质谱分析（proteome analysis），理学-化学-化学生物学-化学生物学技术-生物检测分析技术-蛋白质谱分析，对特定状态或时间内由一个基因组或一个细胞、组织、器官表达的所有蛋白质的定性或定量的表征。蛋白质组的概念最早在1996年提出，是将蛋白质与基因组两个概念结合在一起得到。由于基因表达具有时空动态变化，因此了解一个物种的基因组并不能准确地认识其蛋白质的水平。对蛋白质组的定性或定量分析可以动态地反映基因最终产物蛋白质的水平，进而揭示生理或病理条件下的各种生命过程。蛋白质组分析的基本方法主要包括两个方面，即蛋白质分离技术和蛋白质鉴定技术。蛋白质分离技术主要包括凝胶电泳技术和液相色谱。蛋白质鉴定技术主要是以质谱为基础的各种蛋白质定性定量检测方法，如串联质谱结合数据库检索技术、同位素标记亲和标签技术和同位素标记相对和绝对定量技术等。随着蛋白质组分析的发展，人们可以对细胞在不同状态下的蛋白表达差异进行分析，进而揭示生命过程中的分子机制。作为一种高通量的分析手段，蛋白质组分析是一种与传统假设-验证生物学研究方式不同的筛查-验证的研究策略。