从头药物设计（de novo drug design），理学-化学-物理化学-化学信息学-从头药物设计，根据靶标活性部位的几何和化学特征，采用计算机算法自动构建出和靶标大分子能形成几何及能量匹配的新分子的方法。又称全新药物设计。和分子对接方法一样，也属于基于受体结构的药物设计方法。但分子对接一般是筛选结构已知的小分子化合物数据库，因此预测得到的化合物的结构往往是已知的，而非新颖结构。从头药物设计构建出的新分子能与靶标活性部位很好地契合，从而有望成为新的先导化合物。从头药物设计方法大致可分为基于原子的药物设计以及基于片段的药物设计两大类。基于片段的药物设计方法更为常用。