巨盘腹袋吸虫是腹袋科、腹袋属微生物。虫体外形似陀螺状，前端呈圆锥形，中部略膨大或隆起，后端膨大。肠支由食道末端分叉或呈左右平等的肩状分支，而后沿虫体两侧向内折转，呈波状弯曲下伸或经8～10次内外盘曲下行至腹吸盘前缘终止。睾丸2枚，呈多瓣状的长椭圆形，位于腹吸盘的前缘、两肠支末端的内侧，后缘几乎与肠端平行，左右对称。卵巢呈横椭圆形，位于两睾丸之间稍下方、腹吸盘中部的背缘。卵黄腺由大量的小型滤泡组成，自两侧肠支的前缘开始，沿肠支的内外侧伸展，至肠支的末端为止。子宫经数度盘曲后沿虫体左下侧徐徐上升，至接近虫体的中部再横行至虫体右侧，而后弯曲上升，最后接两性管开口于生殖腔内的右侧。