纳古菌门，理学-生物学-微生物学-微生物分类学-古菌的分类，古菌域的一门。“Nanoarchaeota”中的前缀源于拉丁语“Nanus”，意为“矮小的”。H.胡贝尔[注]等于2002年描述了分离自冰岛以北科贝恩塞海脊（Kolbeinsey）热液口的第一株纳古菌，即骑行纳古菌（Nanoarchaeum equitans）。该菌与一株极端嗜热的泉古菌——浆果状火球菌（Ignicoccus sp.）严格共生。16S rRNA基因序列调查显示，纳古菌广泛存在于陆生与海洋地热环境。2016年，从黄石公园的酸性热泉中获得了第二株纳古菌及其共生菌的共培养物，该纳古菌被命名为酸叶小纳古菌（Candidatus Nanopusillus acidilobi），其共生菌为酸叶菌属（Acidilobus）的一株泉古菌。酸叶小纳古菌与骑行纳古菌在16S rRNA基因序列上的相似性仅为80%，因此，它们可能分属纳古菌门中不同的科。纳古菌是已知最小的细胞生物，骑行纳古菌和酸叶小纳古菌细胞的直径分别为300～400纳米和100～300纳米。