载体骨架（vector backbone），理学-生物学-生物工程-基因工程，载体中转移DNA（transfer DNA; T-DNA）区以外的DNA序列区域。传统的观点认为，载体骨架序列在植物遗传转化体系中不会被转移到植物细胞中。然而随着研究的深入，科学家们认识到转移DNA区以外的DNA序列可以随机整合到植物的基因组上。因此，在转基因植株的检测中需要注意载体骨架序列是否转入，以免产生转基因安全问题。科研人员在减少转基因植物中载体骨架序列片段方面做出了不少努力，主要集中在3个方面：①去除常用载体中未知或不必要的序列，构建微型植物表达载体。②利用同源重组将外源基因准确定向地插入到受体基因组中，避免载体骨架序列的整合，采用较多的方法是植物基因的原位修饰（in situmodification）或者基因打靶（gene targeting）。③将只含有转基因表达所需的基本元件（启动子、开放阅读框和终止子）而不含有载体骨架序列的线状DNA, 利用基因枪法、微量注射等方法直接转移进受体细胞。