黄檗树皮的主要成分是小檗碱（Berberine）．另含黄柏碱（Phello dendrine）、木兰花碱（Magnoflorine）、药根碱（Jatrorrhizine）、掌叶防己碱（巴马亭， Palmatine）、N-甲基大麦芽碱（Candicine）、蝙蝠葛碱（Menisperine）等多种生物碱．此外， 尚含黄柏内酯（Obaculactone）、黄柏酮（Obacunone）、黄柏酮酸（Obacunonic acid）以及7-脱氢豆甾醇（7-Dehydrostigmasterol）、β-谷甾醇（β-Sitosterol）、菜油甾醇（Campesterol）、青萤光酸（Lumicaeruleic acid）、白鲜交酯（Dictamno- lide）。