淮河流域地处南北气候过渡带，洪水灾害频繁。流域性大洪水常常是干支流洪水遭遇，平原区洪涝并发。如1931年洪水淹地513余万公顷，仅下游地区就死亡7.5万人，灾情极为严重。防洪重点是中下游广大平原区，有淮北平原、里下河、南四湖及沂沭河下游地区，这些地区保护的人口多达1 000万～2 000万人，保护的农田都在70万～150万公顷以上。淮河原是河槽宽深、出路通畅、独流入海的一条河流，沂河入泗，泗河入淮，淮河于涟水县云梯关入海，海潮可上溯到盱眙。历史上黄河多次南决如淮，尤以1128～1855年间的黄河夺淮入海影响最大。南宋建炎二年（1128年）东京（今开封市）留守杜充于滑县西南人为决河，使黄河东流夺泗入淮；1194年“河决阳武”，黄河主流夺淮。以后黄河主流沿泗水、汴河、濉水、颍水、涡河入淮河，造成十分严重的危害。明万历年间潘季驯主持治河，大筑堤防，把黄河东出徐州由泗夺淮的主流固定下来，成为下游黄淮入海的惟一河道。直到清咸丰五年(1855年)黄河在河南铜瓦厢决口改道北行，黄淮再行分开（参见淮河水利史）。