安徽农业大学工学院的前身为农业机械系，于1958年建系，1959年开始招生，1989年农业机械系更名为农业工程系，2001年再次更名为安徽农业大学工学院。五十年来，工学院已为国家培养输送了6000多名高级工程专门技术人才，毕业生遍及全国和安徽省机械制造企业、农业机械科研管理部门、建筑工程设计部门与企业、大专院校和政府机关，他们在不同的工作岗位上为国家及安徽省的发展做出了突出的贡献。先后有100多名毕业生出国进修、攻读学位、合作研究，部分学成回国已成为知名企业家、首席专家、硕士或博士生导师、学科领域的学术、技术带头人。工学院现设置有6个本科专业:"农业机械化及其自动化"、"机械设计制造及其自动化