数学学院是四川大学历史最悠久的院系之一。1896年(光绪22年)四川总督鹿传霖奉旨创办四川中西学堂，确定"西学之要，首在算法"，所设算学馆即是数学学院的源头。算学馆当年招学生共三十名，专习算学。1901年，经洋务总局报呈四川总督审核，算学馆第一个毕业文凭发给学生周家彦。四川大学起始于1896年四川总督鹿传霖奉光绪特旨创办的四川中西学堂，是西南地区最早的近代高等学校，1960年，原四川大学成为国家首批全国重点大学，1994年，原四川大学和原成都科技大学合并为"四川联合大学"，1998年更名为四川大学，2000年，四川大学与原华西医科大学合并，组建了新的四川大学。