以行星Zi为舞台，讲述以主人公路吉·法米鲁一行人组成的讨伐军与迪加鲁特武国抗争的故事。在行星Zi上，一心希望成为象父亲那样成为优秀的zoids机师的少年邦，同欧卡诺伊多(Organoid)奇克和神秘少女菲妮一起踏上找寻zoidseve的旅途，并粉碎了帝国首相普罗因兹企图控制帝国，占领共和国的野心。四年后，邦、菲妮都已经长大。为了对抗日益猖獗的使用zoids的恐怖活动，共和国和帝国合作组织了一支由两国构成的特殊部队--守护者力量(GuardianForce)。邦、菲妮又开始一起的旅程，陪伴他们的还有以前的伙伴。