多维蛋白质鉴定技术(multi-dimensional protein identification technology; MudPIT),理学-化学-化学生物学-化学生物学技术-生物检测分析技术-多维蛋白质鉴定技术,通过多维色谱分离结合串联质谱技术鉴定蛋白质混合物的方法。由于蛋白质混合物酶解后所产生的肽段复杂度通常很高,仅通过一维色谱进行分离的效果常常不够理想,所以发展了将两种色谱分离手段(基于不同的分离原理)联用的技术以提高肽段的分离效果和最终质谱鉴定的覆盖率。在1999年这一方法最初被提出的时候,强阳离子交换色谱-反相色谱联用的二维色谱被广泛使用。随着技术的发展,阴离子交换色谱、亲水作用色谱、反相色谱和尺寸排阻色谱等与反相色谱联用的技术相继也被开发出来。以强阳离子交换色谱-反相色谱联用为例,蛋白质酶解后的肽段首先在强阳离子交换色谱上根据自身所带电荷的差异实现初步分离,这一步所产生的各个馏分进而在反相色谱上根据疏水性的强弱再次分离。因为两步分离的原理不一样(分离的正交性高),得到的肽段样品可以被很好地分离从而实现最大程度的质谱检测覆盖。