沙门氏菌属的分类主要以抗原结构为依据。经鉴定现已发现2000余血清型，其中我国已鉴定近100个血清型。按照最新分类，全部沙门氏菌分属3个血清型，即伤寒沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌和肠炎沙门氏菌；肠炎沙门氏菌血清型包括了所有其他血清型。沙门氏菌中，伤寒沙门氏菌和甲、乙、丙型副伤寒沙门氏菌只对人类致病，有些血清型对人类和动物都致病，其中对人类致病的常见者分属B、C、D、E4群中的20余个菌型如B群中的鼠伤寒沙门氏菌、德比沙门氏菌、斯坦利沙门氏菌；C群中的猪霍乱沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、菠茨坦沙门氏菌、汤卜逊沙门氏菌、曼哈顿沙门氏菌；D群中的肠炎沙门氏菌；E群中的鸭沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、伦敦沙门氏菌等。