细胞信号网络建模（cell signaling network modeling），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-生物信息学，基于生物上细胞的信号网络相关作用关系，构建细胞信号网络数学模型，写出细胞信号分子随时间变化的方程，再进一步利用计算机模拟分析细胞内信号分子随环境、时间变化的动力学行为，从而进一步实现对有关细胞信号网络预测的过程。细胞信号网络的结构复杂，规模庞大，建立的数学模型一般维数高，变量多，具有高度非线性，是系统生物学领域的重要研究内容之一。对于细胞信号网络建模，第一步是确定信号网络。细胞网络虽然很复杂，但不同的细胞受体经常激活同样的重要通路和下游关键效应蛋白。而关键的细胞命运抉择主要是由关键效应蛋白的动力学决定的。因此可以对许多信号不予考虑，而专注于关键蛋白的信号网络建模。根据对细胞内信号通路的认识，可将细胞中调控各项生理功能的信号网络模块化。在具体建模中常根据研究目标，确定具体的功能模块。然后基于实验数据确定这些模块中信号反应通路的关键蛋白，进而对这些关键信号蛋白建立一个合理的细胞信号反应网络。第二步是针对该细胞信号网络进行数学方程建模。