DNA碱基错配（base mismatch），理学-化学-化学生物学-核酸化学生物学-核酸化学-碱基错配，DNA双链中的碱基未遵循沃森-克里克（Watson-Crick）方式进行配对，而出现以A与C或G配对，或是T与C或G等配对的方式。简史碱基错配最早由J.D.沃森[注]和F.H.C.克里克提出。起初，他们认为标准的碱基配对为胺式和酮式。随着对DNA双螺旋结构的认识及发展，他们指出酮式碱基可转变成醇式，胺式碱基又可向亚胺型进行互变异构的转化，而这些互变异构体便可进行A·C或G·T的配对，并且后来的大量研究工作表明碱基错配是存在的。在RNA的三级结构中，就存在G·U的非沃森-克里克配对，这对RNA的编译以及酶的识别等生物功能方面具有重要的意义。