地下水中微生物（microbes in groundwater），理学-地质学/地质资源与地质工程-地质工程-水文地质学-水文地球化学-地下水水质，地下水生态系统中一切肉眼看不见或看不清的微小生物的总和。地下水中微生物主要包括细菌、古菌、原生动物及酵母菌与真菌。主要寄居于地下水溶液、含水介质孔隙及基岩裂隙与溶蚀洞穴中。含水介质物质组成、水化学及水动力条件是影响地下水生态系统中微生物种群结构、功能及丰度的主要因素。在地下水中微生物丰度变化范围通常为102～106个细胞/立方厘米，但在不同的地下水生态系统中微生物丰度可存在几个数量级的差异。