深度测序（deep sequencing），理学-生物学-生物化学与分子生物学-生物化学与分子生物学-生物化学与分子生物学-核酸，对系统内基因组特定片段或者全部区域进行多次测定，使得区域内每一个基因组位点的覆盖度超过几十次甚至几百几千次的方法。随着高通量DNA和RNA测序技术发展出的方法。高通量测序方法能在较低花费下，一次性对数百万条甚至更多的分子进行并行序列测定，因此在深度和广度上极大提高了获取生物系统和过程信息的能力。由于系统内通常存在特定基因和片段序列的大量拷贝，深度测序的深度采样能力使得得到序列变异及功能位点（通常需要结合富集手段并引入空白对照实验进行对比分析）的定量信号成为可能。按应用分类，深度测序包括：①基因组层面。有全基因组测序或者外显子组测序、染色质免疫沉淀测序（例如蛋白质结合位点）、表观遗传（即DNA修饰或组蛋白修饰）分析、染色质开放区域测序及染色质高级构象解析等。②转录组层面。有基因表达量定量和可变剪接分析、小RNA测序、RNA二级结构分析、RNA蛋白质相互作用分析、RNA修饰分析、RNA翻译效率分析等。