植株受害的早期阶段，腐烂的根颈组织是黄褐色，最后变成暗褐色并软化。在一些情况下，春季病株几乎完全腐烂。当春季苜蓿不生新校时，常常被认为是冬季冻害引起的。植株死亡的确实原因要看死株的根颈组织内有无菌核，或者在死亡植株的土壤表面有无菌核。春季冷湿的天气，病菌在感病植株的根颈和茎部产生网状菌丝体，网状菌丝体生长，通过土壤表面从一株到另一株进行扩展传播，病株连成小片。枯萎的茎变褐，变软，呈糊状，最终解体。絮状菌丝体在稠密的苜蓿株丝、早晨有露水的茎间特别明显，通常到中午充分干燥后菌丝体露出。如果整个春季为冷凉潮湿天气，许多植株会受到侵染。在每个感病的植株上，菌丝团聚合成坚硬的黑色菌核。三叶草核盘菌（Sclerotinia trifoliorum Eriks.），异名：杯状核盘菌（S.ciboriodes（Hoffm.）Noack）和核盘菌（S.sclerotiorum Lib. De Bary）两种病原引起此病。三叶草核盘菌产生黑色菌核，近球形至不规则形，直径大约2－8毫米。在显微镜下可看到菌核的皮有向外长的无色绒毛状物。