裸子植物区占地1.3公顷，以收集保存裸子植物为主，是植物园最先建成并对外开放的园区，也是植物园内景色最美的园区之一。该区以一块约600平方米的马尼拉草坪为中心，周围散布着柏科、杉科和松科乔木树种，植物种类丰富多样。园内已栽培展示裸子植物10科40属200余种，其中有银杏Ginkgo biloba Linn.、银杉Cathaya argyrophylla Chun et Kuang、水杉Metasequoia glyptostroboides Hu et W. C. Cheng、攀枝花苏铁Cycas panzhihuaensis L. Zhou et S. Y. Yang、云南穗花杉Amentotaxus yunnanensis H. L. Li、云南红豆杉Taxus yunnanensis Cheng et L. K. Fu等国家级保护植物及大叶南洋杉Araucaria bidwillii Hook.、世界爷Sequoia sempervirens (D. Don) Endl.、落羽杉Taxodium distichum (Linn.) Rich.等国外种类，还有世界著名观赏树种—雪松