囊谦千户的历史沿革可以上溯至公元12世纪中叶。“囊谦”意为“内大相”，是吐蕃时期的职官名称。据《囊谦王世系谱》记载：珠氏家族的后裔直哇阿路携其家眷及部分属民由今四川甘孜藏族自治州康定折多山一带迁入玉树南部，据说其祖先吉乎·祜隆荣布曾担任过内地某王朝的内大臣，为纪念祖先的荣耀，遂以“囊谦”作为部落名称，此后逐步扩大势力范围。囊谦千户与中央朝廷建立关系始于南宋时期。宋孝宗淳熙二年（1175），囊谦头领直哇阿路与名僧勒巴尕布归附南宋政府，黎州官员颁发文册：承认直哇阿路为囊谦部落的土官，准许在其辖境修建佛教寺院一座并由勒巴尕布主持教务等。这是中央王朝在玉树地区施政的开端。