马来西亚敦侯赛因大学的成立历史始于 1993 年 9 月 16 日。该大学的前身为 Pusat Latihan Staf Politeknik (PLSP)。当时PLSP的核心业务是培养和培养各个工程领域的理工学院学术人员。该培训机构由马来西亚工艺大学和马来西亚教育部共同管理。三年后，PLSP 升级为 Institut Teknologi Tun Hussein Onn (ITTHO)。时任教育部长的拿督斯里莫哈末纳吉于 1996 年 4 月 12 日正式宣布了新的地位。此次晋升是对在技术教育人才培养方面表现出色的机构的认可。2000 年 9 月 27 日，当马来西亚政府同意授予该研究所大学学院地位时，该研究所实现了另一个里程碑。这是为了表彰其在以科技为基础的发展以及帮助国家实现其愿望方面的贡献。凭借新的地位，该机构被称为 Kolej Universiti Teknologi Tun Hussein Onn (KUiTTHO)，官方宣布由当时的教育部长丹斯里拿督斯里穆萨宾穆罕默德宣布。马来西亚政府于 2006 年 9 月 20 日同意授予该大学学院完整的大学地位，并将其更名为马来西亚敦侯赛因大学。2007年2月1日，高等教育部长拿督穆斯塔法穆罕默德正式宣布改变身份。随后，拿督斯里希山慕丁敦侯赛因翁随后于 2007 年 3 月 2 日正式宣布更名。