复旦大学基础医学院前身为上海第一医学院基础医学部，建于1955年4月。1992年12月基础医学部更名为基础医学院。2000年4月，上海医科大学和复旦大学合并，组建为新的复旦大学。2001年7月27日，撤销复旦大学基础医学院、临床医学院建制，组建复旦大学医学院，2002年更名为复旦大学上海医学院。2012年9月4日，恢复复旦大学基础医学院建制。基础医学院的前身称基础医学部，于1927年学校创办时，基础医学部尚未成立，是由原上海医科大学教务长领导下的若干个教研室组成。早期成立的有解剖和组织胚胎学教研室(张鋆、王有琪教授)、病理解剖教研室(谷镜汧教授)、生理学教研室(蔡翘)、微生物检验科(林国镐教授