合肥市第四十六中学于1946年创建，前身为合肥市万慈小学，1975年更名为合肥市第四十六中学。为了加快合肥现代化滨湖大城市建设，合理调整教育资源布局，推进合肥市教育均衡发展，充分发挥该校办学优势，扩大优质教育资源的社会效益，更好地满足人民群众"好上学，上好学"的需求，根据市委、市政府的决定，2007年9月，该校与合肥师范附校初中部合并，整建制迁入滨湖新区，隶属包河区教育局，成为合肥市第一所公办全日制寄宿制初中。合肥市第四十六中学外形别具一格的教学实验楼与教师办公楼构成和谐的统一体，其南面是一个总面积为2000多㎡的操场和标准篮球场，并铺设了人工草坪，通过校园改造增加了有效的活动空间3200㎡。