本作的舞台是私立学院学员高等部，主人公是对谜题十分着迷并自信逢谜必破的高一学生大门。有一天，他受到学生会长邀请，同青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解"不能解开之谜"，原来这是一个由神秘智能集团制造出的能危机人类生命的"贤者之谜"。可是热爱解谜的大门硬要作出挑战，在得到某件"物件"之后，大门即被点名成为所谓的"解答者"。从此，他就与野叶和其他充满个性的解答者一起挑战潜藏于世界各地的"贤者之谜"。神之谜题原创动画数量大量减少，动画公司SUNRISE仍然作出了这方面的努力。目前它已经公开了全新TV动画《Phi·Brain神之谜题》(ファイ·ブレイン~神のパズル)，官方网站也同时开放。