枯草芽孢杆菌基因组（Bacillus subtilis genome），理学-生物学-微生物学-微生物基因组学，枯草芽孢杆菌具有的所有遗传信息的总和。枯草芽孢杆菌为革兰氏阳性细菌，是研究原核生物基本生物学特征和生命机制的模式生物之一，其芽孢形成与萌发机制也作为一种原核生物的细胞分化和发育系统被深入研究。同时，由于该菌能高效分泌大量胞外蛋白，是研究蛋白质分泌机制的理想模型。另外，枯草芽孢杆菌是多种工业用酶的生产菌，并被广泛用作表达和分泌重组蛋白的宿主，具有重要的应用价值。因此，枯草芽孢杆菌成为早期进行全基因组测序的重要微生物之一。在法国巴斯德研究所的领导下，由欧洲、美国、日本和韩国的46个研究组于1997年合作完成了枯草芽孢杆菌168菌株的全基因组测序。2009年，法国学者利用新一代测序技术对168菌株再次进行了全基因组测序，并对原来的基因组序列进行了纠错和修正。168菌株基因组由一条大小为4.2兆碱基对的环状染色体构成，平均GC比为43.5 mol%。