铁路运输收入分配是指铁路对所属运输企业采取的将运输进款进行清算分配的方法。20世纪80年代以来，铁道部先后采取了以下几种清算方法：按铁道部核定的各铁路运输企业的换算吨公里清算单价，计算其应得收入，为了能够清除运价的统一性和成本的个别性对各铁路局之间利润的影响，在运输企业内部实行了不同的清算单价。实行“清算单价，收入分成、多超多得、调节平衡”的清算办法，简称“双挂钩”，一方面与换算周转量挂钩，以鼓励超产，另一方面与运输进款挂钩，以促进增收。在大部分铁路局实行“双挂钩”办法的同时，广州、柳州、乌鲁木齐三个局实行“现收抵现支”的清算办法，运输进款抵补运输支出、合理留利及由部拨给基本建设投资后的差额定率上缴铁道部。“管内归己、直通分配”，即凡属于铁路局的管内运输收入，按实际发生额全额清算，直通运输收入根据各局完成的客运、行包、货运直通周转量，按相应的清算单价分配，通过收入调节率，调节局间不均衡，支付部集中负担的支出。目前，铁路运输企业实行分账核算的运输进款清算办法：客运收入来自市场，货网收入合并清算，提供服务互相清算。具体项目有客运营业收入、货网营业收入和专项收入。