玉皇阁坐北朝南，分前后两院，依次为天王殿、玉皇阁正殿，在同一条中轴线上。前院天王殿面宽三间，进深二间，东西正禅房各三间，东西下禅房各三间。天王殿两侧分别有角门，通过十八步石砌台阶进后院山门，直通正殿。正殿分上中下三层阁楼(面观三层实际两层)，均面宽三间，进深二间，三重檐歇山硫璃瓦顶。正脊为硫璃花脊，两瑞砌硫璃盘龙，脊上有泥塑彩色八仙人，边脊砌大吻跑兽，四角脊梢下装有兽头，悬挂铁锋。中层阁楼有四面游廊，下阁楼有前出廊。整个建筑木架油饰，彩绘为"和玺"、"苏式"图样。殿内东西北三壁绘封神榜神像画，东西壁画各长7.4米，高2.5米;北壁画长12.8米，高2.5米。