生物能源工程（bioenergy engineering），工学-化工-生物化工-生物能源工程，通过生物活动，将生物质、水或其他无机物转化为沼气、氢气等可燃气体或乙醇、油脂类可燃液体为载体的可再生能源的技术。能源形式生物能源作为一种可再生的清洁能源，其开发和使用符合可持续的科学发展观和循环经济理念。生物能源的主要形式有四种：沼气、生物制氢、生物柴油和燃料乙醇。其中，针对通过厌氧发酵的方式，经过微生物发酵生成以甲烷为主的可燃气体，或者通过产气菌发酵制氢。利用生物强化技术和现代生物工程技术，提高反应器中微生物的浓度，加强甲烷和氢气发酵的速率和底物利用率，包括投加高效的微生物制剂，加强对难降解的大分子物质或有毒有害物质的生物降解。针对生物柴油和燃料乙醇等液体生物燃料，可以利用相关生物技术解除产物抑制等关键问题，提高产物转化率。