药效团模型（pharmacophore model），理学-化学-物理化学-化学信息学-药效团模型，在生物活性分子（一般指药物小分子）中对活性起重要作用的“药效特征元素”的空间排列形式。药效团模型的概念早在1909年就由P.埃尔利希提出，指载有活性必需的特征原子的分子框架。现在定义中的“药效特征元素”可以认为是配体与受体发生相互作用时的活性部位，它们可以是某些具体的原子或原子团，如氧原子、羟基、苯环等，也可以指某些特定的化学功能结构，如疏水团、氢键给体、氢键受体等。需要指出的是，虽然在一般情况下，药效团是判断一个分子是否具有活性的必要条件，但不是充分条件。因为药效团毕竟只是从配体分子中得到的信息，即使从配体-受体相互作用的结构中得到了药效团，这个简化的模型也并未直接反映配体-受体相互作用的所有信息。作为间接药物设计的一种主要方法，药效团模型方法可以基于不同类的先导化合物，它得到的是与生物活性有关的重要的药效团特征，这组药效团特征是对配体小分子活性特征的抽象与简化。