肠干细胞（intestinal stem cell），理学-生物学-动物发育学-发育生物学-肠干细胞，通过分裂而持续性自我更新并分化成肠上皮，在整个生命过程中参与肠上皮的更新和修复的各种特化细胞。肠上皮壁向肠道延伸出数百万用于吸收营养的指状绒毛，每个绒毛的基部都陷入肠隐窝，这是一个将邻近绒毛连接在一起的峭沟。在小鼠中，每个肠隐窝的基部都有一些干细胞，部分子细胞作为干细胞一直保留在隐窝内，而其他子细胞则变成祖细胞并迅速分裂。隐窝内干细胞和祖细胞的分裂使细胞在隐窝处向绒毛位置垂直向上位移，随着这些细胞的位置远离隐窝基部，它们开始逐渐分化成具有肠上皮特征的一些细胞，如肠上皮细胞、杯形细胞、肠内分泌细胞。细胞谱系示踪研究证明，肠干细胞表达Lgr5蛋白，即富含亮氨酸重复基序的G蛋白偶联受体-5，能产生肠上皮的所有分化细胞。由于它们处在隐窝最基部的特定位置，这些Lgr5 阳性细胞被称为隐窝基部柱状细胞，而且与隐窝基部的帕内特细胞（Paneth cell）交替形成一种棋盘形图式。一个隐窝基部柱状细胞能逐渐地完全填充整个肠隐窝。