共代谢作用，是指一些天然条件下并不存在的由人工合成的化学物质，例如杀虫剂，杀菌剂和除草剂等，其中有许多易被各种细菌或真菌降解，有些则需添加一些有机物作为初级能源后才能降解，这一类物质称为外生物质或异生物质，这一降解现象称为共代谢。共代谢微生物不能从非生长基质的转化作用获得能量、碳源或其他任何营养。微生物在利用生长基质A后，同时非生长基质B也伴随发生氧化或其他反应，这是由于B与A具有类似的化学结构，而微生物降解生长基质A的初始酶E1专一性不高，在将A降解为C的同时也将B转化为D。但随即攻击降解产物的酶E2具有较高专一性，不会把D当作C继续转化。