种子微生物是寄附在种子上的微生物的通称。其种类繁多，而与贮藏种子关系最密切的主要是真菌中的霉菌，其次是细菌和放线菌。由于种子微生物的作用往往导致种子变色、变味、发热、生霉以及霉烂，与此同时种子的发芽率总是随着霉茵的增长和种子霉变程度的加深而迅速下降，以致完全丧失。在田间感病的种子，大多数发芽率很低，即使发芽，在苗期或成株期也会再次发生病害。种子微生物的活动主要受贮藏时水分、温度、空气及种子本身的健全程度和理化性质等因素的影响和制约。此外，种子中的杂质含量、害虫以及器具和环境卫生等对微生物的传播也起到相当重要的作用。因此对种子微生物的控制应从以下几方面着手。