结肠菌群(粪便菌群)主要由6个门的细菌组成:Firmicutes、Bacteroidetes、Actinobacteria、Proteobacteria、Fusobacteria和Verrucomicrobia。这些细菌类群在种或菌株水平有非常高的多样性,整体进化结构具有类似扇形的特征。粪便菌群分析正常范围为肠球菌和大肠埃希菌占总量80%左右、过路菌、酵母菌一般不超过总量的10%。正常情况下,存在于人体肠道的正常菌群为类杆菌、乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等,常见于少数过路菌,如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、白色念珠菌等。通常成人粪便中以大肠埃希菌和肠球菌等厌氧菌为主要菌群,约占80%;产气杆菌、变形杆菌等多为过路菌,一般不会超过总量的10%。芽孢菌和酵母菌等,其总量大多也不会超过10%。大多数情况下,微生物、宿主和外界环境三者保持着微妙的动态平衡,出现生态失调,一般是出现了菌群失调。