基础医学院其前身是江西医学院基础医学部，创建于1958年。是集教学、科研为一体教学业务部门。学院下设11个教研室(医学遗传学与生物学、人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学与分子生物学、微生物学、寄生虫学、免疫学、病理生理学、病理解剖学和法医学),8个研究室所(肿瘤免疫研究室、肿瘤分子生物学研究室、遗传研究室、变态反应研究室、生殖内分泌研究室、神经生物学研究室、脑血管研究所、法医学研究所),7个硕士授予点(人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学、生理学、遗传学、病理学、病原生物学、免疫学),1个省高校重点实验室(基础医学重点实验室),2个省普通高校重点学科(生理学、人体解剖学与组织胚胎