南京工业大学理学院成立于2002年3月，其前身是原南京化工大学理学院和原南京建筑工程学院基础课部的部分学科。原南京化工大学理学院则是2000年6月由原南京化工大学应用化学系和基础科学学院部分学科合并组建。学院现设有应用化学、信息与计算科学、应用物理和应用数学等4个系，物理、化学等2个省级基础课实验教学示范中心(建设点)，应用化学、水处理技术等2个研究所，以及院办公室、院学生工作办公室等机构。学院拥有应用化学、资源科学与工程博士点，应用化学、有机化学、分析化学和资源科学与工程等4个硕士点，以及信息与计算科学、应用数学、应用物理、应用化学、资源科学与工程、光电子器件与材料6个本科专业。