甘肃农业大学理学院原名基础部，组建于1978年，初建时的机构设置包括部办公室、数学教研室、物理教研室、无机分析化学教研室、有机生化教研室、植物教研室、动物教研室和农业气象教研室、农业经济管理教研室(现经贸学院前身)、外语教研室(现外语系前身)和体育教研室(现体育教学部)。随着甘肃农业大学的发展壮大和教育教学改革的不断深入，先后将农业经济管理教研室、外语教研室和体育教研室从基础部分出，并组建成相关院系。甘肃农业大学理学院原名基础部，组建于1978年。经过两次院系调整，原基础部外语、体育、植物、动物、气象、动物生物化学等教研组室调整至其它院系，基础部于2001年更名为基础科学系，2004年又更名为