甘肃农业大学工学院由原机电工程系(1958年)和水利水电工程系(1976年)于2003年整体合并组建，2017年1月拆分组建甘肃农业大学机电工程学院和甘肃农业大学水利水电工程学院，是当时全校本科规模最大的学院。学院有水利水电工程(一本招生专业)，农业机械化及其自动化(国家级特色专业建设点)、农业水利工程(省级特色专业)、机械设计制造及其自动化(省级特色专业)、土木工程、农业电气化与自动化(2016年停止招生)、电气工程及其自动化、交通运输(2015年起停止招生)、农业建筑环境与能源工程(停止招生)、水文与水资源工程(2014年起招生)、车辆工程(2016年起招生)等本科专业;下设农机系、水利水