1985年世界各国有关学者组织了“第一届国际P-450基因及其调控讨论会”，确定了统一的命名原则，经过12个研究机构有关专家的努力，将已发表的细胞色素P-450根据cDNA以及所编码的氨基酸顺序分析整理，并进行统一的命名。将全部细胞色素P-450基因统称为细胞色素P-450超家族，并再分成若干个家族，每个家族又可以分成若干亚家族。以斜体字大写拉丁字母“CYP”代表所有物种的细胞色素P-450基因，但小鼠和果蝇例外；再加阿拉伯数字（1，2，3，……）代表不同的家族，例如CYP1，CYP2等。若这一家族又分为若干亚家族，则再加上大写拉丁文字，例如CYP2B。同一亚家族内不同的基因，则分别再用阿拉伯数字表示，如CYP2A1，CYP2A2等。若有假基因存在，则在最后阿拉伯数字后加一大写拉丁文字母“P”，例如CYP2816P。假基因是与一已知基因高度相似的基因，但在染色体上座位不同；它虽然具有一定的功能，但自身不能转录。另外，1996年发表的命名原则中规定，有些过去已命名的基因由于改名、重复或其他原因已被取消，则在最后加“X”。