教育投资内部比例亦称“教育投资内部分配结构”。在教育投资外部比例已定的条件下，教育投资量在教育部门内部的分配比例。主要包括：（1）教育投资在各级教育，即初等、中等、高等教育之间的分配比例；（2）教育投资在各类教育之间，主要是中等职业技术教育、高等教育中各类别、专业之间的分配比例；（3）全日制普通教育投资与成人教育投资比例，等等。主要取决于：（1）一国或一地区一定时期的经济发展水平及由它决定的教育投资量；（2）现有的教育结构，包括教育的纵向结构和横向结构，以及各级各类教育的存量；（3）各级各类教育的生均教育投资；（4）一国或一地区一定时期教育发展的政策目标。其合理与否，直接关系到各级各类教育发展的数量与质量，间接关系到教育结构的合理与否，即对经济结构的适应度，亦关系到教育投资使用效率和教育经济效益的高低。随着经济、社会以及各级各类教育的不断发展，应不断调整教育投资内部比例，以适应经济、社会发展和教育本身发展。随着科学技术和终身教育的不断发展，在发达国家出现学校后教育投资比例逐渐增大的趋势。