小吻虾虎鱼的体长为体高的5.0-6.9倍，为头长的3.5-3.9倍。头长为吻长的3.3-4.5倍，为眼径的4.4-5.7倍，为眼间隔的5.6-7.1倍。尾柄长为尾柄高的1.9-2.5倍，体延长，前部圆筒形，后部侧扁;背缘浅弧形隆起，腹缘稍平直;尾柄颇长，其长大于体高。头中大，圆钝，前部宽而圆钝，平扁，背部稍隆起，头宽大于头高。吻短而圆钝，吻长大于眼径，眼较小，背侧位，位于头的前半部，眼上缘突出头部背缘，眼下缘无放射状感觉乳突线，口中大，前位，斜裂。两颌约等长。上颌骨后端伸达眼前缘下方，鳃孔大，侧位，向头腹延伸，体被中大弱栉鳞，后半部鳞片较大，头的吻部、峡部、鳃部无鳞。背鳍两个，分离，相距较远;