候选基因关联研究（candidate gene association study），理学-心理学-生物学技术-遗传与生物信息学-关联研究，利用预先选定的位于基因附近的遗传标记，对具有不同性状表现的群体样本进行基因分型，通过比较等位基因频率在不同性状表现之间的差异来检测遗传标记与性状的关联的研究方法。属于关联研究方法的一种。候选基因的选择通常基于对疾病生理、病理知识的积累，以及前期的研究结果（连锁分析、比较医学、比较基因组学的研究结果等），是一种假设驱动的研究方法。精神疾病的候选基因关联研究往往将与神经递质传输、中枢神经发育或现有的精神药物靶点相关的基因作为候选，其中编码5-羟色胺转运体的基因SLC6A4、编码多巴胺受体的基因DRD4、编码脑源性神经营养因子的基因BDNF等都是各类精神疾病候选关联研究中备受关注的基因。对前提假设和背景知识的依赖，限制了其在整个基因组范围内进行与疾病的关联分析，因此候选基因关联研究很难发现新的疾病易感基因。但与全基因组关联研究（GWAS）和连锁分析相比，候选基因关联研究往往仅关注一个或少数几个基因，因而具有操作方便、成本低廉的优势。