蛋白质组成复杂性（complexity of protein compositions and sequences），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-分子生物物理学，蛋白质序列编码的复杂性，是蛋白质多样化结构和功能在组成和序列层面的反映。蛋白质是由氨基酸通过缩水反应生成的生物大分子。但不是任意的氨基酸序列都具有蛋白质的性质。由于结构和功能等多方面的要求，形成蛋白质常常具有特殊的氨基酸组成和序列。在自然界中，能够具有类似蛋白质结构和功能的序列是所有可能的蛋白质序列中极小的一部分。这展示了蛋白质的特殊性，也是生物界分子进化的结果。蛋白质序列的编码规律有时还被称为第二遗传密码，是衔接蛋白质序列信息和结构及功能之间的桥梁。考虑到蛋白质结构和功能的多样性，蛋白质序列的复杂性包含有微观和宏观等不同层面的内容。对于具有类似结构或功能的蛋白质体系，通过序列比对分析，可以发现特定保守位点的存在。结合结构生物学和蛋白质工程的实验结果以及分子模型和模拟，揭示出这些保守性特征和结构与功能之间的关系，如准确刻画了折叠核的作用等，为研究蛋白质动力学机制提供了重要的模型和信息。