水生生物代谢组学（aquatic metabonomics），农学-渔业-水产养殖-水产养殖营养与饲料-水产动物营养学-水生生物分子营养学-水生生物代谢组学，通过考察水生生物体系受刺激或扰动前后代谢产物图谱及其动态变化，研究水生生物体系代谢网络的一种技术。是继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后兴起的系统生物学的一个新的分支。水生生物代谢组学的研究对象主要是相对分子量1000以下的内源性小分子。水生生物代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如血液、组织、细胞、培养液和排泄物等）采集后进行生物反应灭活、预处理；再运用核磁共振、质谱、色谱、红外光谱、库仑分析、紫外吸收、荧光散射、放射性检测、光散射等检测其中代谢物的种类、含量、状态及其变化，得到代谢谱或代谢指纹；而后使用多变量数据分析方法对获得的多维复杂数据进行降维和信息挖掘，并研究相关代谢物变化涉及的代谢途径和变化规律，以阐述生物体对相应刺激的响应机制或发现生物标记物。