蛋白质同源建模（protein homology modeling），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-生物信息学，以已知结构的蛋白作为模板，用生物信息学的方法，通过计算机模拟和计算，对具有同源性的未知结构蛋白，根据其一级序列预测其三维空间结构的过程和方法。又称基于同源蛋白的比较建模法。通过对未知结构的同源蛋白的一级序列进行同源蛋白建模分析，能够很好预测其三维结构，并在一定程度上能准确预测相关结构域的生物功能。同源建模基于两个认识或假定：首先，一个蛋白质的二级结构以及三级结构由其氨基酸序列唯一决定；其次，蛋白质的三级结构应该保持基本稳定或保守，即如果一个蛋白质的氨基酸序列有些许的改变，但其空间结构应该基本保持不变，从而保持其生物功能基本稳定。序列的高相似度会导致其结构的高度相似，并具有相似的生物功能。这是同源模型化方法在结构预测方面成功的保证。在实际预测计算中，同源建模要求模板蛋白与目标蛋白的序列一致性高于30%。同源蛋白建模过程主要包括如下几个步骤：首先按照同源蛋白质的结构建立模板，所谓模板是一个已知结构的蛋白质，该蛋白质与目标蛋白质的序列非常相似。