杂草遗传多样性（genetic diversity of weeds），农学-植物保护学-杂草学-杂草生物学-杂草多样性，同一个杂草物种的个体之间或者同一个群体内所有个体的遗传变异之总和。杂草群体的遗传多样性是其长期进化的产物。在突变、选择、基因流和遗传漂变等进化驱动力的长期作用下，杂草产生了丰富的遗传多样性。在自然界中生存的各种杂草，会不断产生着随机的基因突变，基因产生自然突变的概率在10-7～10-4，在长期的进化过程中，有害的基因突变被自然选择迅速淘汰，适应于环境的基因突变则会通过自然选择保留下来，其频率会逐渐积累而得到提高，甚至被固定（频率达100%）。而一些中性的基因突变则会处于较低的频率，抑或在不同的环境条件下其频率处于波动状态。基因的频率也会因为杂草群体之间和之内的基因流（或基因迁移）引入新的遗传变异而发生改变，上述进化的驱动力会造成杂草群体遗传多样性水平的增加。此外在有些情况下，遗传漂变和自然选择（或人工选择）则会通过不断清除中性和有害基因突变而导致杂草群体遗传多样性水平的降低。遗传多样性的概念由生物多样性这一概念衍生而来。